Reverse: 1999 è un gioco ambientato in un mondo dove il tempo non scorre normalmente. A causa di un fenomeno misterioso chiamato Storm, il tempo torna indietro e il mondo ritorna a epoche precedenti, facendo scomparire molte persone.

La protagonista è Vertin, chiamata Timekeeper, una delle poche persone immune alla Storm e capace di ricordare le linee temporali precedenti. Lei lavora per la St. Pavlov Foundation, un’organizzazione che studia questo fenomeno.

Nel mondo esistono anche gli Arcanisti, persone con poteri magici. Vertin viaggia tra diverse epoche per incontrarli e aiutarli, mentre cerca di scoprire la vera origine della Storm e salvare il mondo.